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林野庁では、淡水魚生息状況調査を実施した。遺産隣接地域の2河川(斜里町と羅臼町各1河川)においてニジマスの生息を確認した。調査を始めた平成25年度から毎年同一河川において確認している。
また、遺産隣接地域の2つの林道沿い(斜里町ウトロと羅臼町各1箇所)において、自動撮影カメラによる中大型哺乳類の生息状況調査を実施した。外来種は撮影されなかった。ただし、アライグマが北海道の道央を中心に分布を拡大しており、過去に知床半島周辺でも捕獲された事例がある。