知床世界自然遺産地域科学委員会
知床の自然環境を把握し、科学的なデータに基づいて海域と陸域の統合的な管理を行うために必要な科学的助言を得るために、平成16年7月8日に設置された学識経験者や行政機関で構成される会議です。本委員会の下には急務の課題に対応するために目的別に4つ（エゾシカ、ヒグマ、海域、適正利用・エコツーリズム）のワーキング・グループ（WG）と、1つ（河川工作物）のアドバイザー会議（AP）が設置されています。
エゾシカ/ヒグマ ワーキンググループ
知床半島におけるエゾシカおよびヒグマの管理について議論しています。
海域 ワーキンググループ
漁業、サケ、海生哺乳類などの生物を総合的に含めた知床半島における海域の管理について議論しています。
河川工作物アドバイザー会議
遺産地域内のダム等河川工作物のあり方や工事、モニタリングなどの方針について議論しています。
適正利用・エコツーリズム ワーキンググループ
エコツーリズム戦略の検討および、海域や先端部の適正利用や、利用と野生生物（ヒグマ等）とのトラブルの解消、リスク管理などについて議論しています。知床世界自然遺産地域連絡会議適正利用・エコツーリズム部会と合同で知床世界自然遺産地域適正利用・エコツーリズム検討会議を組織しています。
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