林野庁では、淡水魚生息状況調査を実施した。遺産隣接地域の2河川(斜里町と羅臼町各1河川)においてニジマスの生息を確認した。調査を始めた平成25年度から毎年同一河川において確認している。
また、遺産隣接地域の2つの林道沿い(斜里町ウトロと羅臼町各1箇所)において、自動撮影カメラによる中大型哺乳類の生息状況調査を実施した。調査期間は各林道沿い共に6〜7月と9〜10月の2週間ずつで、一つの林道につき計4週間である。両林道においてミンクが撮影された。
また、知床岬先端部羅臼町側に知床財団により設置された自動撮影カメラでアライグマが撮影された(平成28年10月)。