環境省、林野庁では、「シマフクロウ保護増殖事業」として全道のシマフクロウを対象に、個体の識別や繁殖状況を把握するための標識調査や、巣箱の設置を実施している。
知床世界自然遺産地域の流域には、10つがいのシマフクロウが生息しており、平成25年度は、そのうち、1つがいの幼鳥1羽に対して標識の装着を実施した。
また、アライグマやミンク等が巣箱を襲うおそれがあるため、老朽した巣箱の付け替えに併せて、アライグマやミンク等に襲われるのを防ぐ屋根状のアタッチメントの巣箱への装着と、巣箱を設置した木の幹へ鉄板巻きを行った。